Собор був у користуванні московського патріархату майже 200 років, передали його заповіднику лише в листопаді 2023 року.
"Серед знайдених поховань можна побачити наслідки мародерства: гору одягу і розбиті труни. А окремо від них знаходиться купа кісток. Мародери відкривали гроби, витрушували кістки, одяг скидали на одну купу, інші речі на другу. Це робилося для пошуку цінних предметів, які містилися у похованнях. З дитячих поховань навіть здерті натрунні хрести, які могли бути з дорогоцінних металів. Крім того вони ще й вкопувались у підлогу для пошуку отих поховань давнішого часу. В підземеллях церкви хоронили найповажніших людей: прихожан храму, меценатів, які давали кошти на розбудову храму тощо", — розповів Василь Ільчишин.
Василь Ільчишин, планує зафіксувати дані пошкодження та звернутися до поліції, оскільки, попередні власники порушили законодавство України.
"У 90-х роках під час ремонтних робіт сюди потрапили, представники московського патріархату, але з’ясувавши, що це католицькі поховання справу вирішили не розголошувати. Але згідно українського законодавства, після виявлення таких останків, якщо вони не є кримінальною складовою, то викликається орган охорони культурної спадщини разом з археологами. Вони мають дослідити поховання, та підтвердити, що це саме християнські поховання, а потім перепоховати їх. Але представники московського патріархату не зверталися в орган охорони культурної спадщини, а просто виявили ці поховання", — говорить директор Кременецько-Почаївського історико-архітектурного заповідника.
Найширший вентиляційний хід, через який можна дістатися в крипти, був замурований газоблоками та закритий монтажною піною.
"Василь Ільчишин неодноразово звертався до нас, щоб ми шукали вхід, бо десь він однозначно є, бо якщо пройтися по периметру собору, то можна побачити багато вентиляційних шахт, які підтверджують наявність підвалів", — розповів теперішній настоятель храму отець В’ячеслав Савельєв.
Пані доктор історичних наук Ірина Скакальська стверджує, що храм побудований чернечим орденом францисканців.
"Францисканці — це орден, який був заснований в Італії Франциском Ассізьким. На сьогодні в бібліотеці Вільнюського університету є перелічені предмети, які знаходилися в костелі. А також мимоволі згадуються і ці крипти. У 1832 році цей костел був переданий православним після невдалого польського повстання російській православній церкві. Цей період є малодослідженим і от власне відкриття нової інформації, знайдення нових артефактів доповнить історію францисканського монастиря", — розповіла Ірина Скакальська.